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2002年3月25日发射升空，4月1日返回，耗时6天零18个小时。
神舟三号飞船搭载了“模拟人”，模拟航天员呼吸和血液循环系统中的心律等多种太空生活的重要生理活动参数，为未来航天员进入太空提供可靠的数据。飞船改进和完善了包括伞系统在内的一系列与航天员安全性相关的措施和功能。
实验：神舟三号搭载物有鸡蛋空间孵化箱、天曲母菌，还有4个细胞样品，其中有两个样品可产生抗天花粉蛋白抗体和抗衣原体类性病的抗体——这些研究成果将有利于进行生物药物研发，包括治疗艾滋病药物。
